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Santa Rosa nació en Lima el 30 de abril de 1586, y fue bautizada con el nombre de Isabel Flores de Oliva . Sus padres fueron el soldado español Gaspar Flores y la costurera huanuqueña María de Oliva. A los tres meses de nacida su madre comenzó a llamarle Rosa al verla tan hermosa como una flor. Desde pequeña sintió una fuerte vocación religiosa, por lo que oraba y ayunaba con mucha frecuencia.
A los diez años se trasladó con su familia al pueblo que Quives, en la sierra de Lima, y allí recibió el sacramento de la confirmación de Santo Toribio de Mogrovejo. Sus biógrafos sostienen que su estancia en esta localidad andina le dejó imborrables recuerdos de los sufrimientos de los indígenas en las minas y obrajes que administraba su padre.
A los 15 años regresó a Lima, y a los 20 se incorporó como Terciaria del Convento de Santo Domingo. Fue muy devota de Santa Catalina de Siena, y así como ella castigaba su cuerpo con rudos castigos y penitencias. Creía que así acompañaba la pasión de Cristo y el sufrimiento de los indígenas del Virreinato del Perú.
En su casa del barrio de Malambo ayudaba en la economía familiar hilando y bordando hermosas prendas para su venta. Su madre la llamaba “linda costurera”. Siempre trabajaba haciendo cantos y alabanzas para Dios, la Virgen María y el Niño Jesús. También acudía a los hospitales para atender a los pacientes. Incluso convenció a sus padres para cuidar a los enfermos en su propia casa.
Falleció en Lima el 24 de agosto de 1617, a la edad de 31 años. Al parecer fue por una tuberculosis. En 1671, el Papa Clemente X la canonizó como Santa Rosa de Santa María, Patrona de las Américas y las islas Filipinas.